W końcu IX w. swoją rezydencję tuż obok klasztoru zbudował cesarz Arnulf z Karyntii. On sam i jego potomkowie z rodu Karolingów został tu pochowany. Z rezydencji korzystali często także jego następcy, aż do czasów Hohenstaufów, a klasztor zyskiwał dzięki temu na znaczeniu. Między VIII i XII w. klasztor rozkwitał także jako centrum nauki i sztuki. Działało tu świetne skryptorium, które dostarczało także skrybów na dwór królów niemieckich. To w ratyzbońskim klasztorze Emmerama powstała „zapiska karolińska” Geografa Bawarskiego wymieniająca ludy i plemiona (szczególnie plemiona zachodniosłowiańskich) żyjące na wschód od Łaby i na północ od Dunaju, a także kodeks Uty dla ksieni innego ratyzbońskiego klasztoru, Niedermünster. Klasztor miał bogatą bibliotekę, m.in. tu przechowywany był Codex Aureus sporządzony w IX w. dla cesarza Karola Łysego.