Z inicjatywy Wegeliusa w marcu 1882 roku Dilettantföreningen połączyło się z Helsińskim Towarzystwem Muzycznym, tworząc szkołę muzyczną. O objęcie kierownictwa instytutu poproszono norweskiego kompozytora Edvarda Griega (1843–1907), który odmówił. Pierwszym dyrektorem został Wegelius, który pełnił tę funkcję aż do swojej śmierci w 1906 roku. Wegelius kładł nacisk na nauczanie kompozycji, sam wykładał w instytucie teorię i historię muzyki oraz solfeż. Z braku materiałów sam napisał podręczniki do historii i teorii muzyki, które pozostawały w użyciu przez 50 lat. Zatrudnił nauczycieli z zagranicy, m.in. włoskiego kompozytora i pianistę Ferruccio Busoniego (1866–1924), norweskiego kompozytora i skrzypka Johana Halvorsena (1864–1935) oraz skrzypka Viktora Nováčka. Do jego najwybitniejszych uczniów należą: Jean Sibelius (1865–1957), Erkki Melartin (1875–1937), Armas Järnefelt (1869–1958), Toivo Kuula (1883–1918), Erik Furuhjelm (1883–1964) i Selim Palmgren (1878–1951).
W 1902 roku senat fiński przyznał Wegeliusowi dożywotnią emeryturę. W 1904 roku Wegelius został członkiem szwedzkiej Królewskiej Akademii Muzycznej.