W latach 2016–2017 Fernández był asystentem szkoleniowca Martína Palermo w chilijskim zespole Unión Española. Następnie powrócił do ojczyzny, gdzie w latach 2017–2018 trenował rezerwy klubu Defensa y Justicia. We wrześniu 2017 po odejściu Nelsona Vivasa został tymczasowym trenerem pierwszej drużyny i poprowadził ją w dwóch meczach. W czerwcu 2018 ponownie objął tymczasowo zespół seniorów Defensy, mając za zadanie przygotować go do nowego sezonu do czasu wyboru nowego szkoleniowca. Trzy tygodnie później został zastąpiony przez Sebastiána Beccacece. We wrześniu 2018 wyjechał do Peru, zostając szkoleniowcem tamtejszej ekipy Sport Boys Association, walczącej o uniknięcie relegacji. Trenował ją przez dwa miesiące, po czym zrezygnował ze stanowiska ze względu na problemy organizacyjne klubu. W czterech ostatnich kolejkach zespół poprowadził Jesús Álvarez, który utrzymał Sport Boys w pierwszej lidze.
W marcu 2019 Fernández powrócił do Sport Boys, lecz jego drugi pobyt w tym klubie okazał się sporo gorszy niż poprzedni (tylko 3 zwycięstwa w 14 meczach), mimo implementacji ofensywnego stylu gry. Zajął ze Sport Boys ostatnie miejsce w tabeli, po czym w lipcu złożył rezygnację.