Odtąd Kościół katolicki działał w podziemiu.
Opór ludności katolickiej wobec panującego protestantyzmu przyjmował także postać zrywów zbrojnych, które były krwawo tłumione (np. w latach 1649–1650 przez wojska Olivera Cromwella). Dyskryminacja ludności katolickiej była jedną z ważnych przyczyn emigracji Irlandczyków, głównie do Ameryki Północnej. W 1829 r. katolicy uzyskali w Wielkiej Brytanii wolność religijną, a w 1867 r. Kościół anglikański przestał być religią panującą w Irlandii. Otworzyło to drogę do nieskrępowanego odrodzenia i rozwoju katolicyzmu irlandzkiego.
W 1921 r. powstało niepodległe państwo irlandzkie i episkopat poparł jego zaistnienie. Konstytucja z 1937 r. przyznała Kościołowi pozycję religii uprzywilejowanej (rozwiązanie to uchylono w referendum w 1972 r.). Państwo irlandzkie finansowało sieć szkół katolickich. Hierarchia katolicka optowała za całkowitym zakazem aborcji (do 2002 r. odbyło się 5 referendów w tej sprawie) i zakazem rozwodów (obowiązywał do 1995 r.). W 1979 r. odbyła się pielgrzymka papieża Jana Pawła II do Republiki Irlandii, podczas której wzywał do zakończenia konfliktu katolicko-protestanckiego w Irlandii Północnej, który w 1998 r. został zakończony tzw. porozumieniem wielkopiątkowym.
Na przełomie lat 80. i 90. XX wieku w Kościele zaczęto ujawniać przestępstwa seksualne na dużą skalę.