Innowacją było zamontowanie w nim dwuzakresowej samonaprowadzającej głowicy z aktywnym radarem.
10 czerwca 2019 roku poinformowano, że ukraińska armia zamówiła trzy dywizjony systemu rakietowego Neptun RK-360MC. Dywizjony te miały wejść w skład Marynarki Wojennej Ukrainy. Na jeden dywizjon miały składać się dwie baterie po sześć wyrzutni. Według założeń Neptun RK-360MC ma zastąpić system 4K51 Rubież z pociskiem P-20 Termit.
17 czerwca 2020 roku odbyły się ostatnie testy pocisku z głowicą bojową na poligonie koło Odessy. KB Łucz poinformował wówczas o gotowości do seryjnej produkcji pocisków i systemów. Już w 2020 roku pierwsze systemy miały trafić na wyposażenie armii ukraińskiej. W tym samym roku system Neptun RK-360MC wraz z pociskiem został przyjęty na wyposażenie armii, a w grudniu Siły Zbrojne Ukrainy otrzymały pierwszy dywizjon Neptunów.
Armia Ukrainy podpisała w 2020 roku porozumienie z KB Łucz o rozpoczęciu prac rozwojowych dla lotniczej wersji pocisku Neptun, którą miałyby przenosić samoloty Su-24M. W planach jest również przygotowanie wersji pocisku odpalanego z pokładów okrętów wojennych.
W grudniu 2020 roku przedstawiciele KB Łucz poinformowali, że system Neptun RK-360MC został zakupiony przez Indonezję.