Khan zdobył ponownie mandat poselski.
W 2018 roku kierowana przez niego partia wygrała wybory parlamentarne, a on sam stanął na czele koalicyjnego gabinetu. W 2021 roku publicznie poparł przejęcie władzy w Afganistanie przez talibów i wezwał społeczność międzynarodową do współpracy z nimi. W pierwszych dniach rosyjskiej inwazji na Ukrainę, Khan złożył wizytę w Moskwie. W 2022 roku zakończył urzędowanie na stanowisku premiera w związku z przegranym w parlamencie głosowaniem nad wotum nieufności. Khan twierdził, że rozpad koalicji rządowej i jego odwołanie miało być inspirowane przez Stany Zjednoczone.
W sierpniu 2023 roku został skazany na 3 lata więzienia w związku z zarzutami korupcyjnymi. Złożył następnie apelację, jednak wyrok pozbawił go możliwości startu w wyborach parlamentarnych. W styczniu 2024 roku sąd w Rawalpindi skazał Khana na 10 lat więzienia za ujawnienie tajemnicy państwowej, kiedy to na jednym z wieców miał wymachiwać szyfrowanym dokumentem, będącym rzekomo korespondencją dyplomatyczną między MSZ Pakistanu a ambasadą w Waszyngtonie.