naruszeń praw człowieka przez członków misji pokojowych w zakresie nadużyć i przemocy seksualnej.
W 2007 Beata Pęksa powróciła do pracy w Departamencie Polityki Bezpieczeństwa, w którym zajmowała się europejską polityką bezpieczeństwa i obrony. W tym samym roku uzyskała nominację na stopień ambasadora tytularnego. W 2008 została stałym przedstawicielem Polski w Komitecie Polityki Bezpieczeństwa UE w Brukseli. W latach 2013–2014 była pełnomocnikiem ministra ds. Partnerstwa Wschodniego. Następnie objęła stanowisko zastępczyni dyrektora Departamentu Polityki Europejskiej, zaś w latach 2016–2017 dyrektorki Departamentu Polityki Bezpieczeństwa. Brała czynny udział w przygotowaniach do szczytu Sojuszu Północnoatlantyckiego w Warszawie w 2016. Od stycznia 2018 do 31 marca 2020 ambasador RP w IrakuPostanowienie Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 28 grudnia 2017 r. nr 110.103.2017 w sprawie mianowania Ambasadora Rzeczypospolitej Polskiej ().Postanowienie Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 10 marca 2020 r. nr 110.16.2020 w sprawie odwołania Ambasadora Rzeczypospolitej Polskiej ().. Następnie pracowała w Wydziale Azji Środkowej Departamentu Wschodniego MSZ.
Od 1 września 2023 do 2026 pełniła funkcję ambasador UE w Turkmenistanie.