Począwszy od udziału w akcji T4, RMFdbO stało się w trakcie wojny – oprócz Głównego Urzędu Bezpieczeństwa Rzeszy (Reichssicherheitshauptamt, RSHA), Ministerstwa Sprawiedliwości Rzeszy i Urzędu Spraw Zagranicznych (Auswärtiges Amt, AA) – centralnym organem narodowych socjalistów do zorganizowanej eksterminacji Żydów.
Funkcję szefa urzędu pełnił Alfred Rosenberg, jeden z oskarżonych w procesach norymberskich, skazany na karę śmierci i stracony.
Podział organizacyjny Wydział Z, Centralnego Zarządzania (Abteilung Z, Zentralverwaltung)
Wydział Główny I, Polityczny (Hauptabteilung I – Politik) Wydział 1, Ogólny (Abteilung 1 – Allgemein) Wydział 2, Kraj Wschodni (Abteilung 2 – Ostland) Wydział 3, Ukraiński (Abteilung 3 – Ukraine) Wydział 4, Moskiewski (Abteilung 4 – Moskowien) Wydział 5, Kaukaski (Abteilung 5 – Kaukasus) Wydział 6, Kultury (Abteilung 6 – Kultur) Wydział 7, Osadnictwa (Abteilung 7 – Siedlung) Wydział 8, Prasowy (Abteilung 8 – Presse) Wydział 9, Młodzieżowy (Abteilung 9 – Jugend) Wydział 10, Kobiecy (Abteilung 10 – Frauen)