Malta była rządzona przez Zakon Joannitów w latach 1530–1798 jako lenno Królestwa Sycylii. W roku 1530 cesarz Karol V podarował Zakonowi Rycerzy Świętego Jana wyspy Maltę i Gozo, oraz miasto Trypolis (dziś w Libii), po utracie przez nich Rodos. Turcy osmańscy, po sześciodniowym oblężeniu w roku 1551, zdobyli Trypolis, lecz próba zajęcia Malty w roku 1565 nie powiodła im się.
Skutkiem ataku tureckiego w roku 1565, była decyzja Zakonu osiedlenia się na stałe na Malcie, gdzie rozpoczęto budowę nowej stolicy – Valletty. Przez następne dwa stulecia Malta przeżywała swój „złoty okres”, charakteryzujący się rozkwitem sztuki, architektury oraz ogólną poprawą sytuacji w społeczeństwie. W połowie XVII wieku, Zakon był de iure właścicielem kilku wysp na Karaibach, przyczyniając się w maleńkim stopniu do kolonizacji Ameryk.
Zakon zaczął podupadać w latach 1770., a rewolucja francuska w roku 1792 poważnie go osłabiła. W roku 1798 wojska francuskie dowodzone przez Napoleona, najechały Maltę i wyrzuciły z niej Zakon, czego rezultatem była dwuletnia francuska okupacja Malty. W końcu Maltańczycy zbuntowali się przeciwko Francuzom, i w roku 1800 wyspa stała się brytyjskim protektoratem. Na podstawie układu w Amiens w roku 1802, Malta miała wrócić w ręce Zakonu, lecz Brytyjczycy wciąż kontrolowali wyspę, i w roku 1813 proklamowali Maltę swoją kolonią, co sformalizował traktat w Paryżu w roku 1814.
Wiek szesnasty Początki W wyniku udanego oblężenia Rodos przez Imperium Osmańskie w roku 1522, Zakon Świętego Jana został wypędzony ze swojej siedziby na tej wyspie. Po siedmiu latach tułania się po Europie, w roku 1530 Rycerze osiedli wreszcie, kiedy cesarz Karol V, jako król Sycylii, dał im Maltę, Gozo i północnoafrykański port Trypolis w lenno, w zamian za , który miał być wysyłany w Dzień Zaduszny do królewskiego przedstawiciela, w osobie wicekróla Sycylii.
Zakon osiedlił się w mieście Birgu i uczynił go swoją stolicą. Starożytna forteca, znana jako Castrum Maris, została przebudowana w Fort Świętego Anioła, fortyfikacje miasta zostały wzmocnione, oraz zbudowano wiele nowych budynków. Zakon zaczął też wkrótce bić własne monety, osiedlając się na dobre na Malcie.
Rycerze Szpitalnicy kontynuowali swoje akcje morskie przeciwko muzułmanom, a zwłaszcza piratom berberyjskim. Chociaż mieli jedynie kilka okrętów, szybko wywołali gniew Imperium Osmańskiego, niechętnie widzącego Rycerzy osiadłych w nowym miejscu. W lipcu 1551 roku Turcy nieskutecznie próbowali zająć Fort Świętego Anioła, zaś później Mdinę, by w końcu opanować Gozo kilka dni później. Następnie pożeglowali do Trypolisu i zdobyli miasto w sierpniu. Po tym ataku Zakon starał się odbudować populację Gozo, oraz wzmocnił fortyfikacje Wielkiego Portu. Zbudowano kilka fortów, m.in. Fort Saint Elmo i Fort Saint Michael, a wokół tego ostatniego zaczęło powstawać miasto Senglea.
Gdzieś pomiędzy rokiem 1551 i 1556, Maltę nawiedziło tornado, niszcząc przynajmniej cztery z zakonnych galer i zabijając ponad 600 ludzi. Była to największa katastrofa, spowodowana siłami przyrody, jaka dotknęła kiedykolwiek Maltę, i jedno z najbardziej śmiercionośnych tornad w notowanej historii.
W roku 1553, cesarz Karol V zaoferował Zakonowi przejęcie miasta Mahdia, w dzisiejszej Tunezji. Jednak Zakon odmówił, opierając się na ustaleniach specjalnie ustanowionej komisji, że miasto byłoby za drogie do zarządzania. Wtedy cesarz rozkazał wicekrólowi Sycylii, , zburzyć miasto, aby zapobiec zajęciu go przez muzułmanów. De Vega spalił Mahdie, lecz w odwecie, za odmowę przejęcia miasta, wstrzymał na Maltę wywóz pszenicy. W odpowiedzi na to, Wielki Mistrz de la Sengle sprowadził na Maltę inżyniera Vincenzo Vogo, w celu zmodernizowania młynów, aby zapobiec głodowi.
Wielkie Oblężenie i lata późniejsze
Czternaście lat później, w roku 1565, Sulejman Wspaniały wysłał wojska inwazyjne w sile 40 000 żołnierzy, w celu oblężenia 700 rycerzy i 8000 żołnierzy, usunięciu ich z Malty, i zdobyciu nowej bazy, z której byłoby możliwe uderzenie na Europę.
Na początku walki przebiegały tak niepomyślnie dla joannitów, jak to było wcześniej na Rodos: większość miast została zniszczona, a około połowa rycerzy zginęła. 18 sierpnia sytuacja obleganych zaczęła być dramatyczna: zmniejszająca się codziennie ich liczba uniemożliwiała utrzymanie wszystkich umocnień. Lecz kiedy doradcy zaproponowali opuszczenie Birgu i Senglei, i przeniesienie się do Fortu Świętego Anioła, Wielki Mistrz Jean Parisot de Valette odmówił.
Pomoc od wicekróla Sycylii nie nadeszła. Decyzja ta mogła być spowodowana obawą klęski, a co za tym idzie, narażenia Sycylii i Neapolu na atak turecki. Jego własny syn walczył u boku de Valette’a, więc raczej los twierdzy nie mógł być mu obojętny. Jednak cokolwiek było przyczyną zwłoki, namiestnik wahał się, niemal aż do ostatniej chwili, będąc wreszcie zmuszonym do wyruszenia z pomocą przez gniew swoich własnych oficerów.
thumb|left|Odtwarzanie musztry wojskowej Rycerzy w Forcie Saint Elmo w 2005 roku 23 sierpnia przyszedł następny mocny atak, jak się okazało, ostatni wielki wysiłek oblegających. Został on odparty z wielkim trudem, nawet ranni brali udział w obronie. Turcy byli bardzo zdesperowani. Oprócz Fortu Saint Elmo, pozostałe fortyfikacje były wciąż nienaruszone. Pracując dzień i noc, obrońcy naprawiali uszkodzenia, i zdobycie Malty wydawało się coraz bardziej niemożliwe. W czasie tych strasznych letnich miesięcy, wielu tureckich żołnierzy, stłoczonych w ciasnych dzielnicach, zapadało na choroby. Zaczęło im brakować amunicji i żywności. Żołnierze sułtana byli coraz bardziej zniechęceni niepowodzeniem ataków oraz stratami. Poważnym ciosem dla napastników była śmierć, w dniu 23 czerwca, Turguta, doświadczonego dowódcy, korsarza i admirała floty osmańskiej. Tureccy dowódcy, Pijal Pasza i Mustafa Lala Pasza, byli niedbali. Mieli ogromną flotę, której użyli skutecznie tylko raz. Zaniedbali komunikacji z północnymi wybrzeżami Afryki, i nawet nie próbowali przechwytywać sycylijskich posiłków.
1 września wykonali swój ostatni wysiłek, lecz morale wojsk osmańskich pogorszyło się poważnie i atak był słaby. To bardzo podniosło na duchu oblężonych, którzy zaczęli widzieć nadzieję na zwycięstwo. Do skonsternowanych i niezdecydowanych Turków dotarła wieść o wylądowaniu w Mellieħa Bay odsieczy z Sycylii. Nieświadomi, że jej ilość jest niewielka, w dniu 8 września przerwali oblężenie i odpłynęli. Wielkie Oblężenie Malty było ostatnią akcją militarną Zakonu, w której siła Rycerzy zdecydowała o zwycięstwie.
thumb|Widok na Fort Świętego Anioła Kiedy Turcy odpłynęli, joannici mieli jedynie około 600 ludzi, zdolnych nosić broń. Najbardziej wiarygodne źródła oceniają liczebność armii tureckiej na 40 000, z których jedynie 15 000 powróciło do Konstantynopola. Oblężenie Malty jest dobrze przedstawione na freskach w Hall of St. Michael and St. George, znanym też jako Sala Tronowa (Throne Room), w Pałacu Wielkiego Mistrza w Valletcie; cztery oryginalne olejne , namalowane przez Péreza w latach 1576–1581, znajdują się w Cube Room w w Greenwich.
Po odparciu oblężenia zbudowano nowe miasto, nazwane Valletta, na cześć Wielkiego Mistrza, który wytrzymał oblężenie. Valletta stała się główną siedzibą Zakonu w roku 1571, i pozostaje stolicą Malty po dziś dzień.
W roku 1574 ustanowiona została na Malcie Rzymska Inkwizycja, kiedy papież Grzegorz XIII wysłał Pietro Dusinę jako mediatora w sporze między Wielkim Mistrzem i biskupem. Nowa inkwizycja zastąpiła starą średniowieczną, prowadzoną przez biskupa Palermo.
W roku 1581 nastąpił kryzys pomiędzy Główną Radą Zakonu a Wielkim Mistrzem Jeanem de la Cassière’em. Kryzys przeobraził się w bunt, la Cassière został odosobniony w Forcie Świętego Anioła, a Wielkim Mistrzem został obrany rycerz . Papież Grzegorz XIII wysłał Gaspare Viscontiego, aby rozstrzygnął konflikt, a la Cassière i d’Aux de Lescout zostali wezwani do Rzymu, aby wyjaśnić całą sprawę. W pierwszym tygodniu pobytu w Rzymie de Lescout niespodziewanie zmarł, a la Cassière został przywrócony na pozycję Wielkiego Mistrza. Jednakże on również zmarł w ciągu miesiąca w Rzymie, i spór został definitywnie zażegnany. W styczniu roku 1582 Hugues Loubenx de Verdalle został wybrany kolejnym Wielkim Mistrzem.
Wiek siedemnasty Najważniejsze dokonania thumb|Akwedukt Wignacourta w Birkirkara Pomiędzy rokiem 1610 a 1615 zbudowany został Akwedukt Wignacourta, aby przesyłać wodę z Dingli i Rabatu do stołecznej Valletty. Akwedukt ten pozostawał w użyciu do początków XX wieku, i większość z jego przęseł przetrwała do dziś.
W ciągu XVII wieku ulepszone zostały także maltańskie fortyfikacje. Pomiędzy rokiem 1599 a 1622 znaczna część Cittadelli na Gozo została kompletnie przebudowana. W latach 30. i 40. XVII wieku tereny Wielkiego Portu zostały wzmocnione przez wybudowanie Floriana Lines i Santa Margherita Lines, otaczających fortyfikacje frontowe Valletty oraz Birgu i Senglei. Później, pomiędzy rokiem 1670 a 1680, zbudowano Cottonera Lines, otaczające Santa Margherita Lines. Z powodu trudności finansowych, te dwie ostatnie nie były dokończone przez szereg lat. Pod koniec XVII wieku zbudowany został też Fort Ricasoli, osłaniający wejście do Wielkiego Portu, a forty Saint Elmo i Świętego Anioła zostały wzmocnione.
thumb|left|Wieża Wignacourt, najstarsza zachowana wieża strażnicza na Malcie
Pomimo znaczących fortyfikacji na terenie portu, w XVII wieku większość pozostałej linii brzegowej nie była broniona. W roku 1605 zbudowana została na Gozo wieża Garzes. W następnych latach Wielki Mistrz Alof de Wignacourt kontynuował modernizację fortyfikacji brzegowych, budując wieże Wignacourta, serię sześciu umocnionych wież strażniczych. W czasie rządów Wielkiego Mistrza Giovanniego Paola Castellara zostało zbudowanych szereg mniejszych wież. Jego następca, Martin de Redin, raz jeszcze zbudował szereg podobnych wież. Ostatnią zbudowaną brzegową wieżą strażniczą była wieża Isopu, zbudowana w roku 1667, za czasów Nicolasa Cotonera.
W roku 1693 nawiedziło Maltę trzęsienie ziemi, niszcząc wiele budynków, zwłaszcza w byłej stolicy – Mdinie. Katedra św. Pawła, zbudowana za czasów normańskiej okupacji Malty, uległa zniszczeniu, i w roku 1697 rozpoczęto jej odbudowę w stylu barokowym.
W XVII i początkiem XVIII wieku flota Zakonu Joannitów była u szczytu swej potęgi. Zakon, przeważnie razem z flotami innych państw europejskich, angażował się w bitwy morskie przeciwko Imperium Osmańskiemu, jak np. czy w roku 1656. Rycerze Zakonu brali również udział w bitwie pod Lepanto w roku 1571, pod dowództwem księcia Juana de Austria. Ważną częścią maltańskiej gospodarki, aż do wczesnych lat XVIII wieku było też korsarstwo.
Kolonizacja thumb thumb|Krzyż maltański jest przedstawiony na herbie Saint Barthélemy, spadek po kolonizacji wyspy przez joannitów Zakon brał również udział w kolonizacji Ameryk. 21 maja 1651 roku nabył cztery wyspy na Karaibach: Saint-Barthélemy, Saint-Christophe, Sainte-Croix i Saint-Martin. Zostały one zakupione od francuskiej , która właśnie została rozwiązana. Zakon sprawował władzę nad wyspami do czasu śmierci ustanowionego tam gubernatora, Phillippe’a de Longvilliers de Poincy, i w roku 1665 wyspy te zostały sprzedane . To oznaczało koniec wpływów Zakonu Maltańskiego poza Morzem Śródziemnym.
Wiek osiemnasty Od początku stulecia do rządów Manuela Pinto thumb|Bitwa morska między flotą osmańską i flotą Zakonu w roku 1719
Począwszy od roku 1714, wzdłuż wybrzeży Malty i Gozo, zbudowane zostały 52 baterie i reduty oraz inne umocnienia (entrenchments). Inne większe fortyfikacje, zbudowane w XVIII wieku, to m.in. Fort Chambray na Gozo, zbudowany w latach 1749–1760., i Fort Tigné w Marsamxett, zbudowany w latach 1792–1795.