Inkwizycja papieska we Włoszech działała od jej ustanowienia przez Grzegorza IX w 1232 roku do XVI wieku, gdy w wyniku reform zapoczątkowanych przez papieża Pawła III w latach 1541–1542 została ona przekształcona w inkwizycję rzymską.
Można przyjąć następującą periodyzację dziejów inkwizycji we Włoszech: początki inkwizycji we Włoszech, tj. do ustanowienia stałych struktur terytorialnych w 1254 roku, okres eliminowania kataryzmu w Italii, trwający do początku XIV wieku (ok. 1310), okres dekadencji i stopniowego upadku inkwizycji w XIV wieku do powołania do życia inkwizycji rzymskiej w latach 40. XVI wieku.
Z wyjątkiem pierwszego okresu, dzieje inkwizycji we Włoszech są rozpatrywane oddzielnie w każdej z prowincji ustanowionych w 1254, z tym, że obejmujące wyłącznie terytoria należące do Państwa Kościelnego prowincje Lacjum, Umbria, Romania i Marchia Ankońska są rozpatrywane łącznie.
Początki inkwizycji we Włoszech (do 1254 roku) thumb|300px|Św. Piotr z Werony, inkwizytor Lombardii, zamordowany w 1252, został patronem inkwizytorów Włochy były w XII i XIII wieku jednym z głównych ośrodków manichejskiej herezji katarów oraz radykalnego odłamu sekty waldensów, zwanego „ubogimi Lombardczykami”. Rozwojowi ruchów heretyckich sprzyjała sytuacja polityczna kraju, w szczególności faktyczna autonomia miast na północy, którą te utrzymywały dzięki rywalizacji między papiestwem a cesarstwem o dominację w Italii. Procesarskie stronnictwa gibelinów rywalizowały z propapieskimi gwelfami o władzę w poszczególnych miastach i regionach. Heretycy byli w tych okolicznościach naturalnymi sprzymierzeńcami obozu procesarskiego. Głównym ośrodkiem herezji katarskiej była Lombardia, ale w pozostałych częściach Włoch sekta ta także miała swych zwolenników. Wielu północnowłoskich feudałów było protektorami heretyków, najpotężniejszym wśród nich był Ezzelino da Romano z Marchii Trewizańskiej. Także w wielu miastach gibelińskie władze sprzyjały herezji. Jeszcze około 1250 roku szacowano, że warstwa przywódcza sekty we Włoszech liczy około 2500 osób. Z kolei waldensi osiadli głównie w dolinach alpejskich.
Kroki represyjne wobec heretyków włoskich Kościół zaczął podejmować pod koniec XII wieku. W 1199 roku Innocenty III w liście do władz miejskich Viterbo porównał herezję do zbrodni obrazy majestatu i nakazał karanie heretyków konfiskatą dóbr. W 1220, 1224 i 1231 roku cesarz Fryderyk II Hohenstauf wydał dekrety antyheretyckie, wprowadzając karę śmierci przez spalenie na stosie za wyznawanie herezji. W 1224 roku biskupi Brescii, Modeny i Rimini zostali mianowani komisarzami apostolskimi w Lombardii z zadaniem zwalczania wpływów herezji, a w 1228 roku w tym rejonie przebywał legat papieski kardynał Goffredo Castiglioni. Począwszy od 1227 roku papież Grzegorz IX zaczął wyznaczać do misji antyheretyckich we Włoszech dominikanówNp. we Florencji działali kolejno Giovanni da Salerno (1227-30) i Aldovrandino Cavalcanti (1231-40). Inny dominikanin, Rolando da Cremona, działał kolejno w Piacenzy (1233) i Mediolanie (1234). Na terenie Marchii Trewizańskiej aktywny był Giovanni Schio da Vicenza, który odegrał niemałą rolę polityczną i przez pewien czas był nawet podestą Werony. W gronie tym od 1232 znajdował się także Piotr z Werony, głoszący kazania niemal w całej północnej Italii.. Nie byli oni jeszcze inkwizytorami w ścisłym tego słowa znaczeniu i współczesne dokumenty nie tytułują ich w ten sposób, ich zadania polegały na głoszeniu kazań przeciw heretykom i nakłanianiu władz miejskich do wprowadzania ustawodawstwa antyheretyckiego, a tylko sporadycznie występują w związku z postępowaniami sądowymi wobec podejrzanych o herezjęZob. Lea, I, s. 326-327; Lea, II, s. 199 i nast.. Organizowali także katolickie stowarzyszenia o profilu antyheretyckimLambert, Średniowieczne herezje, s. 205..
W 1231 roku senator Rzymu Annibaldo spalił w Rzymie nieznaną liczbę heretyków i wprowadził nowy statut, wzorowany na ustawach cesarskich, ustanawiający dla heretyków karę śmierci na stosie. Statut ten zatwierdził papież Grzegorz IX i nakazał dominikanom doprowadzenie do jego inkorporacji w prawie innych miast w północnych i środkowych WłoszechLea, I, s. 324-326; Lea, II, s. 200..
Przez długi czas za pierwszego włoskiego inkwizytora uznawano działającego w Lombardii dominikanina Alberyka z Bergamo, na podstawie osiemnastowiecznej edycji listu papieża Grzegorza IX z 3 listopada 1232Lea, II, s. 201-202; Tavuzzi, s. 3., jednak po zbadaniu oryginału w archiwach watykańskich okazało się, że tytuł inkwizytorski Alberyka w tym liście jest późniejszą interpolacjąAlessandro Sala, Lo Sviluppo dell'inquisitio haereticae pravitatis nelle lettere di Gregorio IX (1227-1241), Universita degli studidiMilano, Dipartimento di Studi storici, 2015-2016, s. 152-153.. Aż do połowy lat 40. XIII wieku nic nie wiadomo o działalności inkwizycyjnej dominikanów, rozumianej jako przeprowadzanie postępowań sądowych przeciwko heretykom, choć w niektórych miastach inspirowali oni prześladowania podejmowane przez władze miejskie lub biskupówNp. dominikanin Giovanni Schio da Vicenza w 1233 objął funkcję podesty miasta Werony i działając w tym charakterze doprowadził do spalenia 60 katarów w lipcu 1233.. Dopiero w latach 1243–1245 w Toskanii procesy przeciwko heretykom przeprowadził Ruggiero Calcagni, oficjalnie tytułowany w dokumentach jako papieski inkwizytor, który nieco wcześniej (w 1239 roku) bez powodzenia próbował zorganizować represje wobec katarów w OrvietoLea, I, s. 327-328; Lea, II, s. 210-212; Prudlo, s. 40-42.. Następnie papież Innocenty IV mianował inkwizytorami Lombardii Giovanniego Schio da Vicenza (w 1247 roku)Lea, II, s. 206-207; Tavuzzi, s. 4. oraz Piotra z Werony i Bibiana z Bergamo (w 1251 roku)Prudlo, s. 57, 68; Tavuzzi, s. 4; por. Lea, II, s. 213., a Wincentego z Mediolanu i Jana z Vercelli inkwizytorami Wenecji (w 1251 roku)Lea, II, s. 250..
Zabójstwo Piotra z Werony w okolicach Como w 1252 roku stało się impulsem do nadania włoskiej inkwizycji bardziej zorganizowanej formy. W bulli Ad extirpanda z 15 maja 1252 papież zobowiązał władze świeckie w całej Italii do współpracy z inkwizytorami w zwalczaniu herezji. Tego samego dnia w bulli Cum tibi nadał prowincjałowi lombardzkiemu dominikanów prawo mianowania i odwoływania inkwizytorów w swojej prowincji zakonnej. Dwa lata później w bulli Cum super inquisitione (2 czerwca 1254) Innocenty IV podzielił Włochy na osiem prowincji inkwizytorskich: Lombardię, Marchię Trewizańską, Toskanię, Romanię, Marchię Ankońską, Umbrię, Lacjum i Królestwo Sycylii. Lombardia i Królestwo Sycylii zostały powierzone dominikanom, natomiast pozostałe sześć franciszkanom. Prawo mianowania i odwoływania inkwizytorów w tych prowincjach uzyskali miejscowi prowincjałowie danego zakonu, a także ich przełożeni generalni. Od tego momentu inkwizycja we Włoszech nabrała stałego charakteruDel Col, s. 91-92; Tavuzzi, s. 5-6..
Okres 1254-ok. 1310 200px|right|thumb|Zwycięstwo Karola II d’Anjou nad obozem gibelińskim ułatwiło działalność włoskim inkwizytorom
Lombardia Prowincja inkwizytorska Lombardia obejmowała obszar od Bolonii i Ferrary aż do Marchii Genueńskiej i Piemontu. Na mocy bulli z 29 maja 1254 miało w niej działać czterech inkwizytorów, jednak już w 1256 roku papież Aleksander IV polecił dominikańskiemu prowincjałowi zwiększenie ich liczby do ośmiuDel Col, s. 92.. Najbardziej znany spośród nich jest Raniero Sacconi, były katar, uczeń Piotra z Werony, który napisał traktat przeciwko katarom, będący jednym z najcenniejszych i najbardziej wiarygodnych źródeł wiedzy o tej sekcie.
Pomimo licznej obecności heretyków o działalności inkwizycji w trzynastowiecznej Lombardii wiadomo bardzo niewiele z uwagi na skromny zasób zachowanej dokumentacji. Prawdopodobnie do końca lat 60. akcję antyheretycką na większą skalę blokowali gibelińscy możnowładcy, w tym cesarski wikariusz Lombardii Uberto Pallavicini. W 1259 roku w wyniku zamieszek inkwizytor Raniero Sacconi został wygnany z Mediolanu. Jednym z jego nielicznych sukcesów w tym okresie było zmuszenie do uległości mediolańskiego szlachcica Roberto da Giussano, pana zamku Gatta, w 1254 roku. Nawet ostateczne pokonanie Hohenstaufów przez Karola d’Anjou w 1268 roku i śmierć Uberto Pallavicino w 1269 roku, choć ułatwiły inkwizycji działanie, nie oznaczały końca oporu ze strony heretyków. W 1277 roku inkwizytor Pagano da Lecco został zamordowany w Valtellinie (diecezja Como), a w 1279 roku w Parmie, po spaleniu dwóch kobiet doszło do rozruchów, w wyniku których dominikanie zostali wygnani z miasta na kilka lat. Ostatecznie jednak pod koniec XIII wieku w niemal całej Lombardii inkwizytorzy zdołali wyeliminować wpływy kataryzmu. Do ostatniej większej serii procesów doszło w Bolonii w latach 1291–1299Lea, II, s. 219-243; Lambert, Średniowieczne herezje, s. 203-205; Del Col, s. 103-109..
Pod koniec XIII wieku, w związku z zanikiem kataryzmu, inkwizytorzy Lombardii zaczęli kierować swą uwagę w kierunku innych ruchów heretyckich. W 1260 roku niejaki Gerardo Segarelli założył apokaliptyczną sektę zwaną braćmi apostolskimi lub apostolikami. Została ona potępiona w 1285 roku i dziewięć lat później doszło do pierwszych procesów w Parmie. Sam Segarelli został spalony w 1300 roku w Parmie i jego następcą został Dulcyn. Stanął on na czele rewolty w północno-zachodniej Lombardii, stłumionej przez krucjatę w 1307 rokuLea, III, s. 90-128; Lambert, Średniowieczne herezje, s. 275-278; Del Col, s. 110-111, 114-116.. Lokalne znaczenie miała niewielka mediolańska sekta czcicieli zmarłej w 1281 roku mistyczki Guglielmy da Milano, rozbita przez inkwizycję w 1300 rokuLambert, Średniowieczne herezje, s. 275; Del Col, s. 112-114..
W 1303 roku doszło do podziału dominikańskiej prowincji Lombardia na Lombardię Górną (zachodnią) i Lombardię Dolną (wschodnią). Formalnie nie przełożyło się to na podział lombardzkiej prowincji inkwizytorskiej, niemniej papież Benedykt XI w 1304 roku zarządził, że liczba inkwizytorów w tej prowincji ma wzrosnąć z ośmiu do dziesięciu, przy czym siedmiu będzie wyznaczał prowincjał Lombardii Górnej, a trzech prowincjał Lombardii Dolnej, każdy na terenie swojej prowincji zakonnejTavuzzi, s. 6-7; Lea, II, s. 233..
Marchia Trewizańska Prowincja inkwizytorska Marchia Trewizańska obejmowała obszar patriarchatu Akwilei (łącznie z południowym Tyrolem) i na zachód sięgała aż do jeziora Garda. Do 1259 roku represje przeciw heretykom w tym rejonie były blokowane przez gibelińskiego możnowładcę Ezzelino da Romano, sojusznika Uberto Pallavicino, ale po jego śmierci w 1259 roku sytuacja zmieniła się na korzyść inkwizycjiLea, II, s. 223, 234.. Od 1254 roku sprawowanie urzędu inkwizycji w tej prowincji spoczywało w rękach franciszkanów, najwyraźniej jednak nie od razu przejęli to zadanie. W Vicenzy jeszcze w 1260 główną rolę w zwalczaniu miejscowych heretyków odgrywał biskup Bartłomiej z VicenzyLea, II, s. 234-235.. Znane są imiona 25 franciszkańskich inkwizytorów działających w tej prowincji między 1262 a 1308 rokiemDel Col, s. 94.. Ich największym sukcesem było doprowadzenie do upadku Sirmione, jednego z ostatnich centrów kataryzmu we Włoszech. W 1276 roku ekspedycja zbrojna schwytała około 170 członków warstwy przywódczej sekty, z czego wielu dwa lata później (13 lutego 1278) spalono na stosie w WeronieLambert, Średniowieczne herezje, s. 205; Lea, II, s. 235-236; Del Col, s. 3, 96-97..
Od 1289 roku jurysdykcja inkwizytorów Marchii Trewizańskiej została rozciągnięta na Republikę Wenecką, choć władzom Republiki udało się ograniczyć ich samodzielność poprzez narzucenie asysty trzech świeckich urzędników (tre Savi dell’eresia)Lea, II, s. 249-253..