Modelowanie molekularne – zbiór technik obliczeniowych, które służą do modelowania i przewidywania właściwości cząsteczek lub układów ponadcząsteczkowych.
Modelowanie molekularne nierozłącznie jest związane z komputerami, których moc obliczeniowa decyduje o dokładności wykonywanych symulacji rozmaitych zjawisk na poziomie pojedynczych cząsteczek. W układach o dużej złożoności stosuje się uproszczone założenia lub wychodzi się z pewnych założeń początkowych, wynikających z wcześniejszych danych eksperymentalnych. Ośrodki naukowe zaangażowane w modelowanie molekularne posiadają własne centra komputerowe lub korzystają z czasu, jaki jest im przydzielony na superkomputerach należących do innych.
Modelowanie molekularne znajduje m.in. zastosowanie w nanotechnologii, do projektowania leków, poznawania struktur biologicznych, których sekwencja jest znana a budowa i funkcja jeszcze nie, w badaniach materiałowych i w wielu innych miejscach.
Istnieją również projekty związane z modelowaniem molekularnym, które wykorzystują moce spontanicznie tworzonych przez wolontariuszy sieci obliczeń rozproszonych, np. projekt Rosetta@home, zajmujący się między innymi poszukiwaniem nowych leków przeciwnowotworowychDonate Your Unused Computing Power To Aid Medical Research, Science Daily, 17.04.2007 czy Folding@home, w podobnych celach symulujący zwijanie białek F@H Team Poland.
Molekularne modelowanie jest rutynowo stosowane do poznawania struktury dynamiki i termodynamiki rozmaitych związków chemicznych. W biologii molekularnej przy użyciu modelowania molekularnego badano zwijanie białka, katalizę enzymów, stabilność białek, cząsteczkowe rozróżnianie powierzchni białek i DNA. Intensywnie rozwijane są kierunki poszukiwań metod i materiałów nanotechnologicznych.
Programy używane w MM GPL-podobne BALLView Ghemical ArgusLab
open source MMTK PSI3 komercyjne Gaussian HyperChem PCMODEL Cerius2 InsightII
Molsoft ICM PyMOL VMD GROMOS Sirius NOCH
Sybyl MOE Agile Molecule SPARTAN Millsian
Zobacz też Dynamika molekularna Mechanika molekularna Pole siłowe Model budowy cząsteczek
Przypisy
Linki zewnętrzne
Polskojęzyczny portal o modelowaniu molekularnym
Kategoria:Chemia obliczeniowa